يتولى الإشراف على وقف المركز الإسلامي للتربية مجلس أمناء يتمتع بوصفه المتولي على الوقف بالشخصية المعنوية والاعتبارية وهو يقوم بالمهام التالية وعلى الأخص:
أ – رسم السياسة العامة للمركز من علمية واجتماعية وتربوية ودينية ومالية.
ب - إعداد المشروعات اللازمة للمؤسسات التابعة للوقف.
ج – إقرار الموازنة.
د – إصدار الأنظمة اللازمة لسير أعمال الوقف وأعمال المؤسسات التابعة له ومراقبة تنفيذها.
هـ – إدارة شؤون الوقف بجميع مؤسساته وعقاراته وحقوقه والعمل على تنميتها بشتى الوسائل التي يراها ملائمة، بما في ذلك القيام بعمليات البيع والشراء والاستبدال.
مجلس الامناء :
الرئيس الفخري : توفيق راشد الحوري
١ - الرئيس : د. حسان علي حلاق
٢- نائب الرئيس : د. أيمن توفيق الحوري
٣- امين السر : سليم توفيق أبيض
٤- مدير الوقف : د. فوزي كمال أدهم
٥- امين الشؤون الإدارية : بدر الدين عبد السلام نوار
٦- امين المال: د. محمد علي محمد القوزي
الاعضاء
٧- د . سمير عاليه
٨- د. محمد توفيق حوري
٩-